波多黎各城市间由不同等级的公路相连，其他交通方式还包括渡船。波有3个国际机场、27个地方机场，位于卡罗来纳市（距圣胡安市13公里）的Luis Muñoz Marin国际机场是加勒比地区最大、最繁忙的机场，有30多家国内及国际航空公司使用该机场。是连接美国本土与加勒比地区的主要机场，被誉为“通往加勒比的门户”。­
波多黎各有9个港口，其中圣胡安港最大，也是加勒比地区最繁忙、西半球第四大最繁忙的港口，商贸活动量和货物运输量在全美排名第10。集装箱货运量全球排名第16位，游轮停靠数量排名仅次于迈阿密。波第二大港是位于蓬塞市的美利坚港（Port of the Americas）。