巴新最大航空公司为国营的新几内亚航空公司(Air Niugini),有自首都莫尔斯比港飞往巴新各主要城市及飞往澳大利亚、新加坡、菲律宾、斐济、香港和所罗门群岛的航线。菲律宾航空公司运营从莫尔斯比港与马尼拉航线,另有数家私营航空公司,多经营直升机等小型飞机运输。
省际、城际间交通主要依靠航空运输,但航空软硬件水平较低、交通成本高、航班正点率较低。与中国内地暂无直航,新几内亚航空公司运营往返中国香港航线。首都杰克逊国际机场是巴新唯一的国际机场,其它较大机场有芒特哈根机场、达鲁机场和阿洛陶机场。
从机场往返市区,没有机场专线巴士、公共汽车,只能搭乘出租车和自备接机车辆。