科摩罗首都莫罗尼(Moroni)系科最大城市,人口约11万,面积约10平方公里,平均海拔30米。自1975年科摩罗独立以来,莫罗尼即为首都,是全国政治、经济、文化、教育和交通中心。科联盟政府各部委、金融机构等均坐落于市内。市内主要景点有星期五清真寺,国家博物馆等。莫罗尼市内有星级酒店两家:
—金色郁金香酒店(Hôtel Golden Tulip),电话:773 33 33
—莫罗尼酒店(Hôtel Retaj Moroni),电话:773 52 78
此外,科主要城市还包括昂儒昂岛首府穆察穆杜市(Mutsamudu)、莫埃利岛首府丰博尼市(Fomboni)、马约特岛首府马穆楚(Mamoudzou)市。