几内亚主要流行疾病有疟疾、伤寒、霍乱等。其中危害最大的是疟疾,但恶性脑疟较少,换季和雨季期间为高发期。此外,肠道血吸虫病、蟠尾腺虫病和脑膜炎等流行病及肝炎、结核、麻风等传染病也较多发。全国艾滋病病毒携带者约12.1万人。几内亚曾于2014年初爆发埃博拉病毒疫情,造成大量人员感染和死亡。
几内亚全国医疗卫生服务体系由国家医院与大区医院、省级医院与专区医院、卫生中心与卫生站等三级构成。国有医院诊疗和消毒条件普遍较差,但诊疗费用较低。私人医院条件较好,但诊疗费用较高。首都医院、诊所条件尚可,内地各城市医疗机构缺医少药,条件极其简陋。卫生部部属医院为亚斯丁医院。东卡医院也是首都规模较大的国营医院。中国援几内亚医疗队在首都中几友好医院(吉贝医院)工作。
几内亚没有医药工业,所需药品、医疗器械全部依靠进口。市场上流通的药品主要来自法国、德国、瑞士等国家。中国药品也随处可见,但多为私人贩售,只有为数不多的几家医药公司通过几内亚卫生部审核。建议随身携带适合自己身体状况的药品。携带药品应以个人用量为限,并应附外文处方或说明书,以备海关查验。