马耳他海关采用欧盟统一标准，分为红色、绿色和蓝色通道。有需要申报物品或不确定是否需要申报者，走红色通道；自非欧盟国家抵马，无需申报物品者，走绿色通道；自欧盟国家抵马，无需申报物品者，走蓝色通道。不得为他人携带物品过关。

自非欧盟国家入境每人可免税携带以下自用物品入境：200支香烟（或任选100支小雪茄、50支雪茄或250克烟草）；1升酒精含量超过22%的烈性酒（或2升酒精含量低于22%的酒精饮料）；4升无泡葡萄酒；16升啤酒（须纳增值税和消费税）；总价值不超过430欧元的其他物品（含香水、咖啡、茶叶和电子产品等）。

自欧盟国家经停中转入境者可将在非欧盟区所购自用免税品或在欧盟区所购物品自由带入马耳他，但总量不能超过以下标准：800支香烟（或任选400支小雪茄、200支雪茄或1000克烟草）；10升酒精含量超过22%的烈性酒（或20升酒精含量低于22%的酒精饮料）；90升无泡葡萄酒；110升啤酒（须纳增值税和消费税）。

未满17周岁者不得携带烟草制品和酒精饮料。

携带以下物品入境时必须向海关申报：价值1万欧元以上的现金或旅行支票（含出境）；超过免税限量或限额的自用品；用于商业目的的物品；违者将被处以罚款或没收。

违禁品或限制入境的物品有：动植物、蔬菜、肉制品、管制药品、淫秽物品、假冒和盗版产品、仿真枪械、毒品、弹药、爆炸物等。